Sala I - Vi si trovano documenti relativi alla topografia generale e fonti storico-letterarie della città antica.
Sala II - Contiene testimonianze dell'ambiente preistorico e indigeno precedente alla colonizzazione rodio-cretese ed alla fondazione di Akragas.
Sala III - Vi sono esposte le collezioni vascolari provenienti, in gran parte, dalle ricche necropoli agrigentine dal VI a IV-III sec. a.C.. Si tratta, soprattutto, di prodotti della ceramica attica a figure nere, a figure rosse ed a fondo bianco e vasi da fabbriche italiote, apulee, lucane e campane.
Sala IV - Contiene esemplari di scultura architettonica e in particolare diversi esempi di. gocciolatoi a testa di leone, provenienti dai templi di Eracle, Demetra, Zeus ed Esculapio.
Sala V - Costituisce la Galleria dei santuari, ruotante intorno al Telamone ed alla sala dell'Olympieion che rappresenta il fulcro concettuale dell'impianto museografico. L'ordinamento espositivo dei materiali provenienti dai san-tuari riproduce, idealmente, la topografia delle aree sacre agrigentine in successione cronologica.
Sala VI - Grande salone riservato al tempio di Zeus Olimpico; sulla parete di fondo è stata collocata la gigantesca figura del Telamone del tempio di Zeus; nella galleria laterale si trovano tré teste degli altri telamoni che ornavano la parete esterna del tempio.
Sala VII - La città dall'età greca arcaica all'età imperiale romana. Contiene testimonianze dell'abitato di Agrigento greca e romana con particolare riferimento ai vicini scavi del quartiere ell-nistico-romano di contrada S. Nicola.
Sala VIII - Epigrafia. Vi sono raccolte iscrizioni rinvenute al Agrigento.
Sala IX - Medagliere. La visita della sala è riservata ai soli studiosi; contiene le raccolte numismatiche della Sovrintendenza.
Sala Vbis - In essa vi sono esposte le tré opere che costituiscono le più note e pregevoli sculture greche che il Museo possegga. Si tratta del Guerriero di Agrigento, una figura di Venere che si asciuga i capelli ed al centro della saletta il Kòuros marmoreo noto come l'Efebo di Agrigento, figura di giovane atleta dei primi decenni del V sec. a.C.
Sala X - Reperti provenienti da edifici pubblici civili di età greca e romana (agorà, bouleuterion, ekkiesiasterion).
Sala XI - Contiene i corredi tombali delle necropoli agrigentine (necropoli delle contrade Montelusa, Pezzino, Villaseta, Sottogas, Mosè), dalle più antiche . del VI sec. a.C. a quelle del V sec. a.C., ed a quelle del IV sec. a.C. cui
appartiene il sarcofago contenente lo scheletro di una donna perfettamente conservato e il suo corredo funebre.
Sale XII e XIII - Sono dedicate alla preistoria ed alla protostoria. Vi sono esposti reperti-campione provenienti dai siti di Agrigento, Thapsos, Licata (villaggio di Madre Chiesa), Ribera (deposito votivo del Ciavolaro). Si tratta di ceramiche incise e dipinte delle fasi tra le più precoci della cultura neolitica ed eneolitica di Sicilia; infine, i materiali degli insediamenti protostorici dall'VIII al VII sec. a.C. di Ribera (loc. Scirinda) e Menfi (Montagnola).
Sala XIV - In questa sala è documentato il territorio di espansione agrigentina ad ovest di Agrigento, dalla foce del Platani fino alla Valle del Belice: Eraclea Minoa, Caltabellotta, Monte Adranone di Sambuca di Sicilia.
Sala XV - È dedicata a Gela e vi si trova un unico superbo pezzo, il grande cratere attico a figure rosse con amazzo-nomachia.
Sala XVI - Espone reperti e documentazione dei centri della Bassa Valle del Salso (Licata, Canicattì, Ravanusa).
Sala XVII - Espone i reperti delle necropoli dei centri della Media e Alta Valle del Salso (antico Rimerà) con particolare riferimento alle necropoli di Vassallaggi.
Sala XVIII - Ospita mostre temporanee.
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